A shutdown(8) paranccsal vezérelt leállítás során az init(8) megpróbálja lefuttatni az /etc/rc.shutdown szkriptet, majd ezt követően TERM (befejeztetés) jelzést küld az aktuálisan futó folyamatoknak, kis idő múlva pedig KILL (leállítás) jelzést azoknak, amelyek még nem álltak le addig a pillanatig.

Azokon az architektúrákon és rendszereken, ahol elérhető a fejlett energiagazdálkodás támogatása, a FreeBSD-t a shutdown -p now paranccsal állíthatjuk le, amit közvetlenül a számítógép automatikus kikapcsolása követ. A FreeBSD-s rendszer újraindításához egyszerűen csak adjuk ki a shutdown -r now parancsot. Fontos tudni, hogy alapértelmezés szerint a shutdown(8) használatához root felhasználónak, vagy legalább az operator csoport tagjának kell lennünk. Ezekre a feladatokra egyébként a halt(8) és reboot(8) parancsok is használhatóak. Alkalmazásukról bővebben a hozzájuk, valamint a shutdown(8)-hoz tartozó man oldalakon találhatunk bővebben információkat.