Először is jeleznünk kell a FreeBSD-nek, hogy a Mathematica(R) binárisai a linuxos ABI-t (Application Binary Interface) fogják használni. Itt legkönnyebben úgy járhatunk el, ha egyszerűen beállítjuk, hogy a rendszer a bélyegezetlen ELF binárisokat automatikusan Linux binárisoknak tekintse:

# sysctl kern.fallback_elf_brand=3

Ennek köszönhetően a FreeBSD most már az összes bélyegezetlen ELF bináris esetén a linuxos ABI-t fogja használni, és így a telepítőt akár már közvetlenül a CD-ről is indíthatjuk.

Most másoljuk át a MathInstaller nevű állományt a merevlemezünkre:

# mount /cdrom
# cp /cdrom/Unix/Installers/Linux/MathInstaller helyi_könyvtár

Az állományban cseréljük ki az első sorban található /bin/sh hivatkozást a /compat/linux/bin/sh hivatkozásra. Ezzel biztosíthatjuk, hogy a telepítőt a linuxos sh(1) fogja elindítani. Ezután a kedvenc szövegszerkesztőnkkel vagy a következő szakaszban található szkript segítségével helyettesítsük benne a Linux) szöveg összes előfordulását a FreeBSD) szöveggel. Mivel a Mathematica(R) telepítője az uname -s parancsra kapott válaszból állapítja meg az operációs rendszer típusát, ezért ezzel a módosítással a FreeBSD-t is a Linuxhoz hasonló módon fogja kezelni. A MathInstaller elindítása után most már telepíthető a Mathematica(R).

A Mathematica(R) telepítése során létrejött szkripteket a használatuk előtt át kell írnunk. Amennyiben a Mathematica(R)hoz tartozó programokat a /usr/local/bin könyvtárba telepítettük, akkor itt találjuk a math, mathematica, Mathematica és MathKernel állományokra mutató szimbolikus linkeket. Ezek mindegyikében cseréljük ki a Linux) karakterláncot a FreeBSD) szövegre a kedvenc szövegszerkesztőnkkel vagy az alábbi szkripttel:

#!/bin/sh
cd /usr/local/bin
for i in math mathematica Mathematica MathKernel
  do sed 's/Linux)/FreeBSD)/g' $i > $i.tmp
  sed 's/\/bin\/sh/\/compat\/linux\/bin\/sh/g' $i.tmp > $i
  rm $i.tmp
  chmod a+x $i
done

A Mathematica(R) első indítása során kérni fog egy jelszót. Ha még nem kértünk volna jelszót a fejlesztőtől, akkor a "számítógépünk azonosítójának" (machine ID) megállapításához indítsuk el a telepítés könyvtárában található mathinfo nevű programot. Ez az azonosító lényegében az elsődleges Ethernet kártyánk MAC-címe lesz, ezért a Mathematica(R) nem futtatható több számítógépen.

Amikor e-mailen, telefonon vagy faxon keresztül regisztráljuk a terméket a Wolframnál, akkor meg kell adnunk nekik ezt az azonosítót "machine ID" néven, amire ők elküldik a hozzá tartozó jelszót.

A Mathematica(R) a szabványos betűkészletekkel meg nem jeleníthető szimbólumokhoz (integráljelek, szummák, görög betűk, matematikai jelölések stb.) használ néhány olyan speciális betűtípust, amelyek nem minden esetben állnak rendelkezésre. Az X által használt protokoll miatt ezeket a betűtípusokat helyben kell telepíteni. Ennek értelmében a Mathematica(R) CD-jén található betűtípusokat telepítenünk kell a számítógépünkre is. A CD-n ezeket általában a /cdrom/Unix/Files/SystemFiles/Fonts könyvtárban találjuk meg, vagy a merevlemezen a /usr/local/mathematica/SystemFiles/Fonts könyvtárban. Ezen belül pedig a Type1 és X alkönyvtárakra van szükségünk. Az alábbiakban leírtak szerint több módon is használhatjuk ezeket.

Az egyik ilyen módszer, ha átmásoljuk az imént említett könyvtárakat a többi mellé, vagyis a /usr/X11R6/lib/X11/fonts könyvtárba. Ekkor szükségünk lesz még a fonts.dir állomány átírására is, ahova fel kell vennünk a betűtípusok neveit, majd ennek megfelelően az első sorban módosítanunk a könyvtárban található betűtípusok számát. De ugyanígy lefuttathatjuk ebben a könyvtárban a mkfontdir(1) parancsot is.

Az a másik megoldás, ha a könyvtárakat így másoljuk át a /usr/X11R6/lib/X11/fonts helyre:

# cd /usr/X11R6/lib/X11/fonts
# mkdir X
# mkdir MathType1
# cd /cdrom/Unix/Files/SystemFiles/Fonts
# cp X/* /usr/X11R6/lib/X11/fonts/X
# cp Type1/* /usr/X11R6/lib/X11/fonts/MathType1
# cd /usr/X11R6/lib/X11/fonts/X
# mkfontdir
# cd ../MathType1
# mkfontdir

Most adjuk hozzá az új könyvtárakat a betűtípusok könyvtáraihoz:

# xset fp+ /usr/X11R6/lib/X11/fonts/X
# xset fp+ /usr/X11R6/lib/X11/fonts/MathType1
# xset fp rehash

Ha az Xorg szervert használjuk, akkor az xorg.conf állományban megadhatjuk ezen könyvtárak automatikus betöltését is.

Ha még nincs /usr/X11R6/lib/X11/fonts/Type1 nevű könyvtárunk, akkor a példában szereplő MathType1 könyvtárat nyugodtan átnevezhetjük Type1 nevűre.