早期的 FreeBSD 的核心 (Kernel) 被戲稱為 “巨石”。因為當時的核心是一個非常大的程式，且只支援固定的硬體裝置，如果您想改變核心的設定，就必須編譯一個新核心並重新開機，才能使用。

現今，大多數在 FreeBSD 核心的功能已採用模組 (Module) 的方式包裝，並可依需求動態從核心載入或卸載。 這使得執行中的核心能夠快速適應新硬體環境並在核心開啟新的功能，這就是所謂模組化核心 (Modular Kernel)。

儘管如此，還是有一些功能因使用到靜態的核心設定須要編譯，因為這些功能與核心緊密結合，無法將做成可動態載入的模組。且部份強調安全性的環境會盡量避免載入與卸載核心模組，且只要將需要的功能靜態的編譯到核心當中。

編譯自訂的核心幾乎是每位進階的 BSD 使用者所必須經歷的過程。儘管這項工作可能比較耗時，但在 FreeBSD 的使用上會有許多好處。 跟必須支援大多數各式硬體的 GENERIC 核心相比的話， 自訂的核心可以更『體貼』，只支援『自己硬體』的部分就好。 自訂核心有許多項優點，如：

在編譯自訂核心之前，請思考要這麼做的原因，若是因為需要特定硬體的支援，很可能已有既有的模組可以使用。

核心模組會放在 /boot/kernel 並且可使用 kldload(8) 動態載入到執行中的核心。大部份的核心驅動程式都有可載入的模組與操作手冊。例如 ath(4) 無線乙太網路驅動程式在其操作手冊有以下資訊：

Alternatively, to load the driver as a module at boot time, place the
following line in loader.conf(5):

    if_ath_load="YES"

加入 if_ath_load="YES" 到 /boot/loader.conf 會於開機期間自動載入這個模組。

部份情況在 /boot/kernel 會沒有相關的模組，這對於某些子系統大多是真的。