要登入一台 SSH 伺服器，可使用 ssh 然後指定在伺服器上存在的使用者名稱與 IP 位址或伺服器的主機名稱。若這是第一次連線到指定的伺服器，會提示該使用者伺服器的指紋做第一次檢驗：

# ssh user@example.com
The authenticity of host 'example.com (10.0.0.1)' can't be established.
ECDSA key fingerprint is 25:cc:73:b5:b3:96:75:3d:56:19:49:d2:5c:1f:91:3b.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Permanently added 'example.com' (ECDSA) to the list of known hosts.
Password for user@example.com: user_password

SSH 會在客戶端連線時利用金鑰指紋 (Key fingerprint) 系統來驗證伺服器的真偽，當使用者在第一次連線時輸入 yes 接受了這個金鑰指紋，便會將該金鑰的複本儲存到使用者家目錄的 .ssh/known_hosts，未來嘗試登入時便會以這個存好的金鑰來驗證，若伺服器的金鑰與儲存的金鑰不同將會顯示警告訊息。若出現這個警告時，使用者應在繼續連線之前檢查金鑰變動的原因。

最近版本的 OpenSSH 預設只會接受 SSHv2 的連線。客戶端預設會盡可能使用版本 2 的通訊協定，若伺服器不支援版本 2 的通訊協定便會向下相容版本 1 的協定。要強制 ssh 只能使用指定的通訊協定，可使用 -1 或 -2，其他的選項在 ssh(1) 中有說明。

使用 scp(1) 可從遠端主機安全的複製一個檔案，以下範例會複製在遠端主機的 COPYRIGHT 到本地主機的目前目錄：

# scp user@example.com:/COPYRIGHT COPYRIGHT
Password for user@example.com: *******
COPYRIGHT            100% |*****************************|  4735
00:00
#

由於這個主機的指紋已驗證過，在提示用者輸入密碼之前伺服器的金鑰已自動檢查。

傳給 scp 的參數與傳給 cp 的參數相似。第一個參數是要複製的檔案，第二個參數是目地，由於檔案是透過網路取得，檔案參數需要使用 user@host:<path_to_remote_file> 格式。注意，在 scp 要遞迴複製目錄是使用 -r，如同 cp 使用 -R。

要開啟可互動的連線來複製檔案可使用 sftp，請參考 sftp(1) 來取得在 sftp 連線時可用的指令清單。

% ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/user/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):  
Enter same passphrase again:                 
Your identification has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
SHA256:54Xm9Uvtv6H4NOo6yjP/YCfODryvUU7yWHzMqeXwhq8 user@host.example.com
The key's randomart image is:
+---[RSA 2048]----+
|                 |
|                 |
|                 |
|        . o..    |
|       .S*+*o    |
|      . O=Oo . . |
|       = Oo= oo..|
|      .oB.* +.oo.|
|       =OE**.o..=|
+----[SHA256]-----+

% ssh-agent csh
% ssh-add
Enter passphrase for key '/usr/home/user/.ssh/id_rsa':  
Identity added: /usr/home/user/.ssh/id_rsa (/usr/home/user/.ssh/id_rsa)
%

exec ssh-agent startxfce4

% ssh -2 -N -f -L 5023:localhost:23 user@foo.example.com
%

% ssh -2 -N -f -L 5025:localhost:25 user@mailserver.example.com
user@mailserver.example.com's password: *****
% telnet localhost 5025
Trying 127.0.0.1...
Connected to localhost.
Escape character is '^]'.
220 mailserver.example.com ESMTP

% ssh -2 -N -f -L 2110:mail.example.com:110 user@ssh-server.example.com
user@ssh-server.example.com's password: ******

% ssh -2 -N -f -L 8888:music.example.com:8000 user@unfirewalled-system.example.org
user@unfirewalled-system.example.org's password: *******

除了提供內建的 SSH 客戶端工具外，還可以設定 FreeBSD 系統為一個 SSH 伺服器，以接受來自其他 SSH 客戶端的連線。

要查看 sshd 是否正在運作，可使用 service(8) 指令：

# service sshd status

若服務未執行，請加入下行到 /etc/rc.conf。

sshd_enable="YES"

這會讓下次系統開機時啟動 OpenSSH 的 Daemon 程式 sshd。若要立即啟動：

# service sshd start

在 FreeBSD 系統第一次啟動 sshd 時便會自動產生系統的主機金鑰且會顯示指紋在 Console 上，這個指紋可供使用者在第一次連線到伺服器時驗證用。

請參考 sshd(8) 可取得在啟動 sshd 時可用選項的清單以及更多完整有關認証、登入程序與各種設定檔的資訊。

現在，sshd 應可供所有在系統上有使用者名稱及密碼的使用者使用。

在 FreeBSD 廣泛使用 sshd 做為遠端管理基礎設施的同時，所有暴露在公有網路上的系統也會時常受到暴力攻擊 (Brute force attack) 與路過攻擊 (Drive by attack)。在本節會介紹一些可用來避免這些攻擊的參數。

使用在 OpenSSH 伺服器設定檔的 AllowUsers 關鍵字限制可以登入到 SSH 伺服器的使用者及來源是一個不錯的方式。例如要只允許來自 192.168.1.32 的 root 登入，可加入下行到 /etc/ssh/sshd_config：

AllowUsers root@192.168.1.32

要允許來自任何地方的 admin 登入，可只列出使用者名稱，不指定 IP 位址：

AllowUsers admin

有多位使用者也應列在同一行，例如：

AllowUsers root@192.168.1.32 admin

在對 /etc/ssh/sshd_config 做完變更後，執行以下指令告訴 sshd 重新載入設定檔：

# service sshd reload

此外，使用者可能被強制要透過公鑰與私鑰使用雙重認證 (Two factor authentication)。當需要時，使用者可以透過使用 ssh-keygen(1) 產生一堆金鑰然後將公鑰傳送給管理者，這個金鑰檔會如以上在客戶端章節所述的被放在 authorized_keys。要強制使用者只能使用這個金鑰，可能需要設定以下選項：

AuthenticationMethods publickey