FreeBSD 網站有維護一份可搜尋的最新應用程式清單，在 https://www.FreeBSD.org/ports/。 可以依應用程式名稱或軟體分類來搜尋 Port。

由 Dan Langille 維護的 FreshPorts.org，提供完整的搜尋工具並且可追蹤在 Port 套件集中的應用程式變更。註冊的使用者可以建立自訂的監視清單會自動寄發電子郵件通知 Port 的更新資訊。

若找不到指定的應用程式，可以先到網站 SourceForge.net 或 GitHub.com 搜尋，後然再回到 FreeBSD 網站 檢查該應用程式是否已被移植。

要搜尋 Binary 套件檔案庫中的應用程式可：

# pkg search subversion
git-subversion-1.9.2
java-subversion-1.8.8_2
p5-subversion-1.8.8_2
py27-hgsubversion-1.6
py27-subversion-1.8.8_2
ruby-subversion-1.8.8_2
subversion-1.8.8_2
subversion-book-4515
subversion-static-1.8.8_2
subversion16-1.6.23_4
subversion17-1.7.16_2

套件名稱包含版本編號，且若 Port 使用 Python 為基礎，也會包含用來編譯該套件的 Python 版本。有些 Port 會有多個版本可使用，如 Subversion ，因編譯選項不同，有多個版本可用，這個例子中即指靜態連結版本的 Subversion。在指定要安裝的套件時，最好使用 Port 來源來指定該應用程式，Port 來源是指應用程式在 Port 樹中的路徑。再輸入一次 pkg search 並加上 -o 來列出每個套件來源：

# pkg search -o subversion
devel/git-subversion
java/java-subversion
devel/p5-subversion
devel/py-hgsubversion
devel/py-subversion
devel/ruby-subversion
devel/subversion16
devel/subversion17
devel/subversion
devel/subversion-book
devel/subversion-static

pkg search 支援使用 Shell 萬手字元 (globs)、正規表示法、描述或檔案庫中的其他其他內容。在安裝 ports-mgmt/pkg 或 ports-mgmt/pkg-devel 之後，可參考 pkg-search(8) 以取得更多詳細資訊。

若 Port 套件集已安裝，有數個方法可以查詢 Port 樹中的本地版本。要找到 Port 所在的分類，可輸入 whereis file，其中 file 是要安裝的程式：

# whereis lsof
lsof: /usr/ports/sysutils/lsof

或者，也可使用 echo(1)：

# echo /usr/ports/*/*lsof*
/usr/ports/sysutils/lsof

請注意，這也會顯示已下載至 /usr/ports/distfiles 目錄中任何已符合條件的檔案。

另一個方法是使用 Port 套件集內建的搜尋機制來找軟體。要使用搜尋的功能需先 cd 到 /usr/ports 然後執行 make search name=program-name，其中 program-name 代表軟體的名稱。舉例搜尋 lsof：

# cd /usr/ports
# make search name=lsof
Port:   lsof-4.88.d,8
Path:   /usr/ports/sysutils/lsof
Info:   Lists information about open files (similar to fstat(1))
Maint:  ler@lerctr.org
Index:  sysutils
B-deps:
R-deps: 

“Path:” 此行代表 Port 的所在位置。

若不要接受這麼多資訊，可使用 quicksearch 功能：

# cd /usr/ports
# make quicksearch name=lsof
Port:   lsof-4.88.d,8
Path:   /usr/ports/sysutils/lsof
Info:   Lists information about open files (similar to fstat(1))

若要進行更有深度的搜尋，使用 make search key=string 或 make quicksearch key=string 其中 string 是要搜尋的文字。該文字可以是一部份的註解、描述或相依套件，當不清楚程式的名稱時可以找到與特定主題相關的 Port。

當使用 search 或 quicksearch 時，搜尋的字串不分大小寫。 搜尋 “LSOF” 會與搜尋 “lsof” 產生相同的結果。