Date: Sun, 31 Jul 2016 14:19:09 +0000 (UTC) From: Kurt Jaeger <pi@FreeBSD.org> To: ports-committers@freebsd.org, svn-ports-all@freebsd.org, svn-ports-head@freebsd.org Subject: svn commit: r419380 - head/biology/seqtools Message-ID: <201607311419.u6VEJ9Ei092134@repo.freebsd.org>
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Author: pi Date: Sun Jul 31 14:19:09 2016 New Revision: 419380 URL: https://svnweb.freebsd.org/changeset/ports/419380 Log: biology/seqtools: 4.42.1 -> 4.43.0 ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/seqtools/PRODUCTION/release_notes.html - Mark broken on 9.x: Fails to build due to C++ std issues Modified: head/biology/seqtools/Makefile head/biology/seqtools/distinfo head/biology/seqtools/pkg-plist Modified: head/biology/seqtools/Makefile ============================================================================== --- head/biology/seqtools/Makefile Sun Jul 31 14:16:55 2016 (r419379) +++ head/biology/seqtools/Makefile Sun Jul 31 14:19:09 2016 (r419380) @@ -1,7 +1,7 @@ # $FreeBSD$ PORTNAME= seqtools -PORTVERSION= 4.42.1 +PORTVERSION= 4.43.0 CATEGORIES= biology MASTER_SITES= ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/seqtools/PRODUCTION/ @@ -11,12 +11,16 @@ COMMENT= Tools for visualising sequence LICENSE= GPLv3 LIB_DEPENDS= libcurl.so:ftp/curl \ - libsqlite3.so:databases/sqlite3 + libsqlite3.so:databases/sqlite3 \ + libfontconfig.so:x11-fonts/fontconfig \ + libfreetype.so:print/freetype2 -USES= compiler:c++14-lang execinfo libtool pkgconfig +BROKEN_FreeBSD_9= Fails to build due to C++ std issues + +USES= compiler:c++14-lang execinfo gettext libtool pkgconfig GNU_CONFIGURE= yes -#USE_GCC= any -USE_GNOME= gtk20 +USE_GNOME= cairo gdkpixbuf2 gtk20 +USE_XORG= x11 CFLAGS+= -I${LOCALBASE}/include LDFLAGS+= -L${LOCALBASE}/lib -lexecinfo -lcurl -lsqlite3 -lm MAKE_JOBS_UNSAFE= yes Modified: head/biology/seqtools/distinfo ============================================================================== --- head/biology/seqtools/distinfo Sun Jul 31 14:16:55 2016 (r419379) +++ head/biology/seqtools/distinfo Sun Jul 31 14:19:09 2016 (r419380) @@ -1,2 +1,3 @@ -SHA256 (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5b3f7f5f213f47d72c7b2070ff94d0e5ca31a5be8b4558492d45e7dbbfad774b -SIZE (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5847308 +TIMESTAMP = 1469510431 +SHA256 (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 01861098451eab001d49a039e60ddc6df22a61a7472924c850942ffdae396c8b +SIZE (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 6862548 Modified: head/biology/seqtools/pkg-plist ============================================================================== --- head/biology/seqtools/pkg-plist Sun Jul 31 14:16:55 2016 (r419379) +++ head/biology/seqtools/pkg-plist Sun Jul 31 14:19:09 2016 (r419380) @@ -1,13 +1,3 @@ -bin/belvu -bin/blixem -bin/blixemh -bin/dotter -include/gbtools/gbtools.hpp -include/gbtools/gbtoolsCurl.hpp -include/gbtools/gbtoolsGUI.hpp -include/gbtools/gbtoolsPfetch.hpp -include/gbtools/gbtoolsUtils.hpp -lib/libgbtools.a %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Belvu_manual.pdf %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Blixem_manual.pdf %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Dotter_manual.pdf @@ -19,3 +9,218 @@ lib/libgbtools.a %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/dotter_usage.txt %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/release_notes.html %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/todo.html +bin/belvu +bin/blixem +bin/blixemh +bin/dotter +include/blatSrc/ace.h +include/blatSrc/aliType.h +include/blatSrc/annoAssembly.h +include/blatSrc/annoFilter.h +include/blatSrc/annoFormatTab.h +include/blatSrc/annoFormatter.h +include/blatSrc/annoGrateWig.h +include/blatSrc/annoGrator.h +include/blatSrc/annoGratorQuery.h +include/blatSrc/annoOption.h +include/blatSrc/annoRow.h +include/blatSrc/annoStreamBigBed.h +include/blatSrc/annoStreamBigWig.h +include/blatSrc/annoStreamTab.h +include/blatSrc/annoStreamVcf.h +include/blatSrc/annoStreamer.h +include/blatSrc/apacheLog.h +include/blatSrc/asParse.h +include/blatSrc/axt.h +include/blatSrc/bPlusTree.h +include/blatSrc/bamFile.h +include/blatSrc/bandExt.h +include/blatSrc/base64.h +include/blatSrc/basicBed.h +include/blatSrc/bbiFile.h +include/blatSrc/bigBed.h +include/blatSrc/bigWig.h +include/blatSrc/binRange.h +include/blatSrc/bits.h +include/blatSrc/blastParse.h +include/blatSrc/boxClump.h +include/blatSrc/boxLump.h +include/blatSrc/bwgInternal.h +include/blatSrc/cda.h +include/blatSrc/cgi_build_rules.mk 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