Date: Sat, 13 Nov 2010 23:14:35 +0800 (CST) From: Gea-Suan Lin <gslin@gslin.org> To: FreeBSD-gnats-submit@FreeBSD.org Cc: perl@FreeBSD.org, gslin@gslin.org Subject: ports/152205: [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29 Message-ID: <20101113151435.E34927E824@colo-p.gslin.org> Resent-Message-ID: <201011131520.oADFKBJi070075@freefall.freebsd.org>
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>Number: 152205
>Category: ports
>Synopsis: [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29
>Confidential: no
>Severity: non-critical
>Priority: low
>Responsible: freebsd-ports-bugs
>State: open
>Quarter:
>Keywords:
>Date-Required:
>Class: update
>Submitter-Id: current-users
>Arrival-Date: Sat Nov 13 15:20:10 UTC 2010
>Closed-Date:
>Last-Modified:
>Originator: Gea-Suan Lin
>Release: FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 i386
>Organization:
>Environment:
System: FreeBSD colo-p.gslin.org 7.3-RELEASE-p2 FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 #0: Mon Jul 12 19:04:04 UTC 2010
>Description:
- Update to 0.29
Port maintainer (perl@FreeBSD.org) is cc'd.
Generated with FreeBSD Port Tools 0.99
>How-To-Repeat:
>Fix:
--- p5-Bio-Phylo-0.29.patch begins here ---
diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile
--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile 2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile 2010-11-13 23:12:53.000000000 +0800
@@ -6,7 +6,7 @@
#
PORTNAME= Bio-Phylo
-PORTVERSION= 0.28
+PORTVERSION= 0.29
CATEGORIES= biology perl5
MASTER_SITES= CPAN
PKGNAMEPREFIX= p5-
@@ -14,81 +14,82 @@
MAINTAINER= perl@FreeBSD.org
COMMENT= Phylogenetic analysis using perl
-BUILD_DEPENDS= p5-Exception-Class>1.22:${PORTSDIR}/devel/p5-Exception-Class \
+RUN_DEPENDS= p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
- p5-IO-String>=1.05:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \
+ p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
+ p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
+ p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
- p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG
-RUN_DEPENDS= ${BUILD_DEPENDS}
-
-MAN3= Bio::Phylo.3 \
- Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
- Bio::Phylo::Factory.3 \
- Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
- Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
- Bio::Phylo::Forest.3 \
- Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
- Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
- Bio::Phylo::Generator.3 \
- Bio::Phylo::IO.3 \
- Bio::Phylo::Listable.3 \
- Bio::Phylo::Manual.3 \
- Bio::Phylo::Matrices.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
- Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
- Bio::Phylo::Project.3 \
- Bio::Phylo::Set.3 \
- Bio::Phylo::Taxa.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
- Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
- Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
- Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
- Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
- Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
+ p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
PERL_CONFIGURE= yes
+MAN3= Bio::Phylo.3 \
+ Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
+ Bio::Phylo::Factory.3 \
+ Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
+ Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
+ Bio::Phylo::Forest.3 \
+ Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
+ Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
+ Bio::Phylo::Generator.3 \
+ Bio::Phylo::IO.3 \
+ Bio::Phylo::Listable.3 \
+ Bio::Phylo::Manual.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
+ Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
+ Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
+ Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
+ Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
+ Bio::Phylo::Project.3 \
+ Bio::Phylo::Set.3 \
+ Bio::Phylo::Taxa.3 \
+ Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
+ Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
+ Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
+ Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
+ Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
+ Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
+ Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
+ Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
+ Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
+ Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
+ Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
+ Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
+ Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
+ Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
+
.include <bsd.port.mk>
diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo
--- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo 2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800
+++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/distinfo 2010-11-13 23:06:22.000000000 +0800
@@ -1,2 +1,2 @@
-SHA256 (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = f72e5a9e43502ea9020faa17c9c20e0a4cd5f34db967888547fbce0dc742b835
-SIZE (Bio-Phylo-0.28.tar.gz) = 241143
+SHA256 (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 8edca450d7c850b78fee92baeea7d99ab0bdefaf1b8cd09eb2a85607f6fe15ea
+SIZE (Bio-Phylo-0.29.tar.gz) = 241051
--- p5-Bio-Phylo-0.29.patch ends here ---
>Release-Note:
>Audit-Trail:
>Unformatted:
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